Met de studiebegeleiding onderscheidt De Amsterdamsche School zich van andere scholen. Veel scholen roosteren noodgedwongen huiswerkuren in, om zo aan de wettelijk verplichte urennorm voor het Voortgezet Onderwijs te voldoen. Leerlingen ervaren deze 'ophokuren' als weining rendabel. Toch vinden wij het belangrijk dat de leerlingen een groot deel van het school- en leerwerk op school doen: er is expertise in de buurt om te helpen en toezicht om efficiënt te werken. Daarnaast lopen leerlingen heel vaak vast in het leerproces zelf: hoe moet je eigenlijk leren? Om dit probleem te tackelen heeft De Amsterdamsche School de studiebegeleiding ontwikkeld.

De studiebegeleiding speelt een belangrijke rol in het optimaliseren van de invulling van de studietijd op school. Een team van alfa-, bèta- en gamma-onderwijsassistenten geeft de leerlingen studiebegeleiding. Er is een hoofd studiebegeleiding aangesteld om leiding te geven en het overzicht te behouden. Het streven is dat alle leerlingen in de bovenbouw tenminste twee studiebegeleidingsuren (STB-uren) per week ingeroosterd krijgen. Naast het vergroten van de efficiëntie en daarmee de effectiviteit van de studietijd (door de de leerlingen te 'leren leren' en plannen), kunnen leerlingen ook inhoudelijke hulp bij bepaalde vakken krijgen tijdens deze uren. Het organiseren van de bijlessen valt onder de verantwoordelijkheid van het hoofd studiebegeleiding en de conrector bovenbouw.

Naast de STB-uren, hebben leerlingen in de bovenbouw ook nog steeds studieuren (SU) op het rooster staan. Deze vullen de gaten in het rooster en bieden de leerlingen de mogelijkheid om onder toezicht te werken. De vaardigheden en aanwijzingen uit de STB helpen de leerlingen om uiteindelijk meer zelfstandig hun werk te kunnen doen.